Zij rangschikte eind september 2006 de Katholieke Kerk onder de "as van religieus kwaad".
Ze deed deze uitspraak tijdens de algemene politieke beschouwingen in de Tweede Kamer.
De woordvoerder van de Katholieke Kerk in Nederland, Jan Willem Wits, reageerde hierop met scherpe bewoordingen en verweet Halsema dat ze de historische lading van het begrip "as van het kwaad" niet kende en ze vanuit een Verlichtingsfundamentalisme gelovigen tot tweederangsburgers wou degraderen.
Ook confessionele partijen in het parlement leverden kritiek.
Later nuanceerde Halsema haar uitspraak, door het verschil tussen gelovigen en geloofsinstituten te beklemtonen.
In 2010 haalt Femke haar kinderen van een zwarte school, omdat ze "als feministe moeite" heeft "met 'allerlei gesluierde vrouwen'."
"Ze zijn naar een andere buurtschool. Dat is beter voor hun welzijn. Kinderen zijn geen sociaal experiment ..."